Lấy bối cảnh 2 năm sau khi đánh bại A-Laws, nhân loại bước vào kỷ nguyên hòa bình nhưng bất ngờ đối mặt với hiểm họa diệt vong từ một thực thể ngoài hành tinh bí ẩn mang tên ELS. Khi những sinh vật kim loại này bắt đầu đồng hóa con người và máy móc, Setsuna F. Seiei cùng đội Celestial Being phải tái xuất để ngăn chặn cuộc xâm lăng quy mô lớn hướng về Trái Đất. Đây là thử thách cuối cùng buộc Setsuna phải hoàn thiện sự tiến hóa thành một "Innovator" thực thụ để thiết lập đối thoại hòa bình, chấm dứt xung đột kéo dài hàng thế kỷ giữa các giống loài.